\"일본 법인은 3년 정도 적자를 볼 텐데, 그 적자는 나중에 이익이 나면 다 빼 주겠죠?\" 일본 진출을 준비하는 대표님께 자주 듣는 질문입니다. 답은 \"조건을 갖췄다면 일부 또는 전부\"입니다. 일본은 적자를 이월하는 기간과 한도도 한국과 다르지만, 그보다 먼저 설립 직후 낸 서류 하나가 이월 자체를 좌우합니다.

한국 본사 재무팀은 한국 법인세법의 15년·80% 감각으로 일본 자회사 사업계획을 짜기 쉽습니다. 그런데 일본 자회사의 세후 현금흐름은 일본 법인세법 기준으로 계산해야 맞습니다. 두 나라 규정을 같은 질문 순서로 놓고 보겠습니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 일본 규정은 e-Gov 법령검색의 법인세법 제57조·제58조·제66조·제80조·제122조 원문과 일본 국세청 타ックスアンサー(No.5762·5763·5800·5930)를, 한국 규정은 국가법령정보센터의 법인세법 제13조·제14조·제72조와 2020년 12월 개정 부칙을 대조했습니다(모두 2026-10-14 기준 조회). 결손금 공제에 따른 실제 세액은 세율·지방세·다른 공제와 함께 계산해야 하므로 이 글에서는 공제 가능 금액까지만 다룹니다.

핵심 요약

• 이월기간: 한국은 15년(2020.1.1 이후 개시 사업연도 발생분), 일본은 10년(2018.4.1 전 개시 사업연도 발생분은 9년)입니다.

• 공제한도: 한국은 소득의 80%, 중소기업은 100%입니다. 일본은 중소법인 등 외 법인은 소득의 50%, 중소법인 등은 소득 전액입니다.

• 일본 중소법인 등의 함정: 자본금 1억 엔 이하라도 자본금 5억 엔 이상 법인(대법인)에 의한 완전지배관계가 있으면 중소법인 특례에서 빠집니다.

• 절차 요건: 일본은 결손이 난 해에 청색신고서로 확정신고하고 이후 연속 신고하며 장부를 보존해야 합니다. 신설법인의 청색신고 승인 신청은 설립 후 3개월이 지난 날과 첫 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지입니다.

• 소급 환급: 양국 모두 적자를 직전 연도로 돌려 세금을 환급받는 제도가 있지만, 한국은 중소기업, 일본은 중소기업자 등 위주로 열려 있습니다.

Q&A

Q1. 한국 일본 결손금 이월 비교, 이월기간·공제한도·증빙은 어떻게 다른가요?

한국은 법인세법 제13조 제1항 제1호에서 이월결손금 공제 요건을 둡니다. 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금이어야 하고, 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80이 한도입니다. 조세특례제한법상 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100입니다. 15년은 2020년 12월 개정 부칙에 따라 2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 발생한 결손금부터 적용됩니다. 증빙 측면에서는 그 결손금이 신고하거나 결정·경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금이어야 합니다.

일본은 법인세법 제57조 제1항에서 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도의 결손금을 손금에 넣도록 하고, 한도를 결손금 공제 전 소득의 100분의 50으로 둡니다. 일본 국세청 안내에 따르면 2018년 4월 1일 전에 개시한 사업연도의 결손금은 이월기간이 9년이고, 50% 한도는 2018년 4월 1일 이후 개시 사업연도부터의 비율입니다. 여러 해의 결손금이 있으면 가장 오래된 것부터 차례로 공제합니다.

증빙 요건은 일본이 더 구체적입니다. 제57조 제10항은 결손이 난 사업연도에 확정신고서를 내고 그 뒤로 연속해서 확정신고서를 냈으며, 결손 사업연도의 장부서류를 보존한 경우에만 이월공제를 허용합니다. 일본 국세청은 결손금이 생긴 사업연도의 장부서류 보존기간을 10년으로 안내합니다(일반 보존기간은 7년).

Q2. 일본 결손금 이월공제, 청색신고를 하지 않으면 어떻게 되나요?

일본 법인세법 제58조는 청색신고서를 제출하지 않은 사업연도에 생긴 결손금은, 재해손실금액을 넘는 부분을 \"없는 것으로\" 본다고 정합니다. 쉽게 말해 백색신고 연도의 일반 영업 적자는 이월되지 않습니다.

청색신고는 신고만 하면 되는 것이 아니라 사전 승인 신청이 필요합니다. 법인세법 제122조는 신설 보통법인이 설립 사업연도부터 청색신고를 하려면 설립일 이후 3개월이 지난 날과 그 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지 신청서를 내도록 합니다. 일본 자회사를 세운 뒤 은행계좌·사무실 정리에 쫓기다 이 기한을 넘기면, 적자가 가장 많이 나는 첫해 결손금이 이월공제 대상에서 빠질 수 있습니다. 기한 계산 방법과 승인 통지 전 신고 문제는 「일본 청색신고 신청 기한, 신설 자회사가 첫해 결손금을 지키려면 언제 내야 할까」에서 자세히 다뤘으므로, 이 글에서는 결손금 비교에 필요한 결론만 적습니다.

참고로 일본 국세청은 결손이 난 해에 청색신고서로 확정신고를 했다면, 그 뒤 연도에 낸 신고서가 백색이더라도 그 결손금은 이월공제 대상이 된다고 안내합니다. 기준은 결손이 난 연도의 신고 형태입니다.

Q3. 일본 자회사 기업 규모, 자본금 1억 엔 이하면 무조건 100% 공제인가요?

아닙니다. 제57조 제11항은 사업연도 종료 시점에 중소법인 등에 해당하는 법인의 한도를 \"소득의 50%\"에서 \"소득 전액\"으로 바꿉니다. 중소법인 등은 자본금 1억 엔 이하 보통법인 등인데, 제66조 제5항 제2호·제3호 법인은 제외됩니다. 제2호는 자본금 5억 엔 이상 법인 등 대법인에 의한 완전지배관계가 있는 보통법인입니다.

일본 국세청 안내(No.5800)는 이 \"100% 자회사 등\"이 대법인의 직접 100% 자회사에 그치지 않고, 대법인에 의한 완전지배관계가 있는 보통법인 전부라고 설명합니다. 이 경우 결손금 공제한도 특례뿐 아니라 경감세율, 결손금 소급 환급 등 중소기업 대상 특례가 함께 빠집니다. 조문은 대법인을 \"법인\"으로만 적고 있어 한국 모회사도 판정 대상이 될 수 있으므로, 한국 본사 자본금 규모와 지분 구조를 일본 자회사 설계 단계에서 함께 봐야 합니다.

신설법인 특례도 있습니다. 제57조 제11항 제3호는 중소법인 등이 아닌 보통법인이라도 설립일로부터 7년이 지나는 날까지의 기간에 속하는 사업연도에는 한도를 소득 전액으로 넓힙니다. 다만 대법인의 100% 자회사(제66조 제5항 제2호·제3호 법인)는 여기서도 제외되고, 상장 등의 사유가 생기면 그 이후 종료 사업연도부터는 적용되지 않습니다.

Q4. 한국 규정과 동일 조건으로 대조하면 무엇이 달라지나요?

같은 조건, 즉 \"설립 후 3년간 적자, 4년차부터 흑자\"인 법인을 놓고 보면 차이는 세 군데서 생깁니다.

1. 기간: 한국 15년 대 일본 10년. 장기 적자 사업(바이오·인프라 등)에서는 일본에서 결손금이 기간 만료로 소멸할 가능성이 더 큽니다.

2. 한도: 한국은 중소기업이면 100%, 아니면 80%입니다. 일본은 중소법인 등이면 100%, 아니면 50%입니다. 한국 본사가 크고 일본 자회사를 100% 보유하면 일본 자회사는 50% 쪽으로 갈 수 있습니다.

3. 절차: 한국은 결손금이 신고·결정된 과세표준에 포함돼 있으면 되지만, 일본은 청색신고 승인 + 연속 신고 + 장부 보존을 모두 갖춰야 합니다.

Q5. 결손금을 직전 연도로 돌려 환급받는 제도도 비교할 수 있나요?

한국은 법인세법 제72조에서 중소기업이 결손금이 난 해에 직전 사업연도 법인세액을 한도로 환급을 신청할 수 있게 합니다. 신고기한까지 신청해야 하고, 결손 사업연도와 직전 사업연도의 과세표준과 세액을 기한 내에 각각 신고한 경우에만 적용됩니다.

일본은 법인세법 제80조에서 청색신고 법인이 결손 사업연도 개시일 전 1년 이내에 개시한 사업연도로 결손금을 돌려 환급을 청구할 수 있게 합니다. 그러나 일본 국세청 안내에 따르면 이 제도는 중소기업자 등 외 법인의 1992년 4월 1일부터 2028년 3월 31일까지 종료하는 사업연도 결손금에는 적용되지 않습니다(해산·재해 등 예외 제외). 대법인의 100% 자회사도 중소기업자 등에서 빠지므로, 한국 대기업 계열 일본 자회사는 사실상 이월공제만 남는다고 보고 계획하는 편이 안전합니다.

가정 사례

(가정) 한국 제조기업 A사는 자본금이 엔화 환산 5억 엔을 넘는 규모이고, 일본에 자본금 5천만 엔의 B사를 100% 출자로 세웠습니다. B사는 1~3년차에 합계 3억 엔의 결손이 났고, 4년차에 결손금 공제 전 소득 2억 엔이 났습니다. 설립 직후 청색신고 승인 신청을 기한 내에 냈다고 가정합니다.

• B사가 중소법인 등으로 인정된다면: 4년차 소득 2억 엔 전액을 결손금으로 공제해 과세소득은 0입니다. 남은 1억 엔은 다음 연도로 넘어갑니다.

• A사가 대법인으로 판정돼 B사가 중소법인 등에서 빠진다면: 공제 한도는 2억 엔의 50%인 1억 엔입니다. 과세소득 1억 엔이 남고, 결손금 2억 엔이 이월됩니다. 대법인 100% 자회사는 신설법인 7년 특례에서도 제외되므로 이 결과가 바뀌지 않습니다.

• 청색신고 승인 신청을 놓쳤다면: 1년차 결손금은 재해손실 부분을 빼면 이월공제 대상이 아니게 됩니다. 사업계획상 \"적자 회수 시점\"이 그만큼 뒤로 밀립니다.

같은 사업이라도 모회사 규모와 신청서 한 장이 일본 자회사의 첫 흑자 연도 세금을 크게 바꾸는 구조입니다.

실무 체크포인트

1. 일본 자회사 설립일 기준 청색신고 승인 신청 기한(설립 후 3개월 경과일과 첫 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날)을 캘린더에 등록

2. 한국 모회사(및 그 위 지배회사)의 자본금이 5억 엔 이상인지, 일본 자회사와 완전지배관계인지 확인

3. 일본 자회사 사업계획에 결손금 공제한도를 100%와 50% 두 시나리오로 반영

4. 결손 연도 장부서류를 10년 보존하도록 일본 현지 회계사무소와 보관 범위 합의

5. 결손금 소급 환급을 기대하는 경우 일본 자회사가 중소기업자 등에 해당하는지 먼저 확인

6. 한국 본사 결손금은 15년·80%(중소기업 100%)로 별도 관리하고, 양국 결손금을 섞어 계산하지 않기

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 일본 자회사의 적자는 한국 본사 법인세에서 바로 빠지지 않습니다. 각 나라 법인이 각자 이월공제합니다.

• 자본금 1억 엔 이하로 세팅했다고 중소법인 특례를 자동으로 받는 것이 아닙니다. 모회사 기준이 따로 있습니다.

• 일본 청색신고 승인 신청은 설립 후 몇 달 안에 끝나는 일정입니다. 설립 대행 범위에 포함됐는지 반드시 확인하세요.

• 증자·지분 재편으로 지배구조가 바뀌면 일본의 특정지배관계 관련 결손금 제한이 문제될 수 있어, 구조 변경 전 검토가 필요합니다.

결론 및 전문가 Tip

한국과 일본 모두 적자를 미래 이익에서 빼 주지만, 일본은 \"얼마나·얼마 동안\"보다 \"신청했는지·누가 지배하는지\"가 먼저입니다. 일본 자회사 설립 전에 ① 청색신고 승인 신청 일정, ② 모회사 자본금과 지분 구조, ③ 결손 연도 장부 보존 방법을 정해 두면, 첫 흑자 연도에 예상하지 못한 세금이 나오는 일을 줄일 수 있습니다. 실제 공제 후 세액은 일본 법인세 외에 지방법인세·주민세·사업세까지 함께 계산해야 하므로, 세율 구조는 같이 보면 좋은 글을 참고하세요.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 자회사 설립을 앞둔 한국 기업을 위해, 한국 본사 지분 구조에 따른 일본 중소법인 특례 해당 여부를 먼저 판정하고, 결손금 공제한도 시나리오를 반영한 일본 자회사 손익·세금 계획을 함께 만듭니다. 이미 설립한 자회사라면 청색신고 승인 여부와 결손금 장부 관리 상태를 점검해 드립니다.

참고 출처 요약

• e-Gov 법령검색, 法人税法 제57조(欠損金の繰越し)·제58조·제66조·제80조·제122조 — https://laws.e-gov.go.jp (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5762.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.5763 欠損金の繰戻しによる還付 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5763.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.5800 一定の大法人等の100％子法人等における中小企業向け特例措置の不適用について — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5800.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.5930 帳簿書類等の保存期間 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm (2026-10-14 조회)

• 국가법령정보센터, 「법인세법」 제13조·제14조·제72조 현행 본문 및 법률 제17652호(2020.12.22) 부칙 제4조 — https://www.law.go.kr (2026-10-14 조회)

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