사업자등록을 신청하면 7일 이내에 조사하여 등록증을 발급해 주도록 규정되어 있다.

하지만 납세자의 편의를 위해 대부분은 신청 즉시 발급을 하여주고 있다.

특별히 조사가 필요하다고 인정되면 법정기한인 7일의 범위 내에서 사업장 현지 확인 조사를 거친 후 등록증을 발급해 주고 있다.

사업자등록을 신청하면 혹시 과거에 세금을 안 낸 것이 있는지 여부를 확인하기 때문에 체납한 사실이 있는 경우엔 세금을 완납하여야 하는 경우도 발생한다.

사업자등록 신청내용과 실제내용이 다른 경우에는 사업자등록을 거부할 수도 있다.

사업자등록을 하지 않고 사업을 하는 경우엔 세무서에서 직권으로 사업자등록을 할 수도 있고 사업자등록을 한 후 사업자가 계속 부가가치세 신고를 하지 않거나 연락이 안 되는 경우엔 세무공무원이 직권으로 폐업을 등록하기도 한다