창업코리아

창업톡톡 > 자유게시판

목록으로

s-valueup 　2026-10-14 13:48 | 2

[플립] 스타트업 플립 양도소득세, 현금 없이 주식만 바꿔도 주주 세금이 생길까

\"미국 투자자가 델라웨어 모회사를 요구해서 플립을 하기로 했습니다. 주식만 맞바꾸는 건데 주주들한테 세금이 나오나요?\" 플립을 준비하는 대표님에게 가장 늦게, 그러나 가장 무겁게 다가오는 질문입니다. 법률 절차와 투자계약 협상에 집중하다 보면 주주 개인의 세금은 클로징 직전에야 검토되곤 합니다.

문제는 이 세금이 현금이 생기지 않는 거래에서 생긴다는 점입니다. 창업자는 회사 가치가 오른 만큼 양도차익이 커지는데, 손에 쥔 것은 당장 팔 수 없는 미국 비상장 주식뿐입니다. 플립 일정표에 세금 납부 일정과 재원을 함께 넣어야 하는 이유입니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 「소득세법」 제88조·제94조·제104조·제105조·제106조·제110조·제112조, 같은 법 시행령 제167조·제175조, 「상속세 및 증여세법」 제60조·제63조와 같은 법 시행령 제54조, 「조세특례제한법」 제38조, 「증권거래세법」 제1조의2·제3조·제7조·제8조·제10조, 「상법」 제360조의2는 국가법령정보센터 현행 본문과 대조했습니다(2026-10-14 조회). 미국 측 세금과 지방소득세 세율은 이 글에서 수치로 다루지 않았습니다.

핵심 요약

양도 판단: 「소득세법」 제88조는 \"양도\"를 매도뿐 아니라 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것이라고 정의합니다. 한국 법인 주식을 미국 법인 주식과 바꾸면 양도에 해당할 수 있습니다.
과세 대상: 비상장법인 주식의 양도소득은 원칙적으로 양도소득세 과세 대상입니다(제94조 제1항 제3호 나목).
평가액: 양도가액은 실제 받은 대가(미국 법인 주식)의 가치입니다. 특수관계 거래에서 시가와 차이가 크면 시가로 다시 계산될 수 있습니다.
세율: 중소기업 주식을 대주주가 아닌 주주가 양도하면 10%, 대주주는 과세표준 3억원 이하 20%·초과분 25%입니다.
납부 재원: 예정신고·납부는 양도일이 속하는 반기 말일부터 2개월 안입니다. 납부세액이 1천만원을 넘으면 일부를 2개월 늦춰 나눠 낼 수 있지만, 기한이 미뤄질 뿐 세금이 줄지는 않습니다.

Q&A

Q1. 스타트업 플립 양도소득세, 주식만 바꾸는데 왜 양도가 되나요?

플립의 핵심 거래는 한국 법인 주주가 자기 주식을 미국 모회사에 넘기고, 그 대가로 미국 모회사 신주를 받는 것입니다. 「소득세법」 제88조 제1호는 양도를 \"자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것\"으로 정의합니다.

여기서 기준은 현금을 받았는지가 아니라 대가를 받고 소유권이 넘어갔는지입니다. 주주는 한국 법인 주식을 내주고 미국 법인 주식이라는 대가를 받았으므로, 교환이든 현물출자든 양도 요건에 들어갑니다.

참고로 「상법」 제360조의2의 포괄적 주식교환은 \"회사\"가 다른 회사 발행주식 총수를 소유하는 완전모회사가 되는 제도입니다. 상대방이 해외 법인인 플립에서는 이 상법 절차를 그대로 쓰기 어려워 주주별 교환·현물출자 계약으로 진행하는 경우가 많고, 그만큼 주주 한 명 한 명이 각자 양도자가 됩니다.

Q2. 플립 양도 판단, 비상장 스타트업 주식도 과세 대상인가요?

네. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 나목은 주권비상장법인의 주식등의 양도로 생기는 소득을 양도소득으로 봅니다. 예외는 대주주가 아닌 주주가 한국금융투자협회의 장외매매거래(K-OTC 등)로 중소기업·중견기업 주식을 양도하는 경우처럼 좁게 정해져 있어, 플립에서 주주가 미국 모회사에 직접 주식을 넘기는 거래는 이 예외에 해당하지 않습니다.

세율은 주주가 대주주인지, 회사가 중소기업인지에 따라 갈립니다(제104조 제1항 제11호). 대주주가 아닌 주주는 중소기업 주식 10%·그 밖의 주식 20%이고, 대주주는 과세표준 3억원 이하 20%·초과분 25%(중소기업 외 법인 주식을 1년 미만 보유했다면 30%)입니다. 법인 주주·비거주 주주까지 넣은 주주 유형별 세목 비교는 플립 주주 유형별 세금 글을 참고하시고, 이 글은 개인 거주자 주주의 계산과 납부 재원에 집중합니다.

대주주 여부는 소유 주식 비율·시가총액 등을 고려해 대통령령으로 정하는 기준으로 판단합니다. 창업자와 초기 공동창업자는 대주주에 해당하는 경우가 많으므로 주주명부를 기준으로 미리 구분해 두는 것이 좋습니다. 여기에 더해 별도로 지방소득세도 함께 확인해야 합니다.

Q3. 플립 주식 평가액, 양도가액은 어떤 금액으로 잡나요?

「소득세법」 제88조 제5호는 실지거래가액을 \"양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액\"이라고 정의합니다. 플립에서는 받은 미국 모회사 주식의 가치가 곧 양도가액입니다.

문제는 갓 설립된 미국 모회사 주식의 가치를 어떻게 정하느냐입니다. 실무에서는 교환비율을 정할 때 한국 법인의 가치평가를 먼저 하고, 그 가치를 미국 모회사 주식 수로 옮깁니다. 이때 세법이 보는 기준은 다음과 같습니다.

부당행위계산 기준: 「소득세법 시행령」 제167조 제3항은 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 양도한 경우 등을 조세 부담을 부당하게 줄인 경우로 보되, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우로 한정합니다. 같은 조 제5항은 이때의 시가를 「상속세 및 증여세법」 규정을 준용해 평가하도록 합니다.
시가 원칙: 「상속세 및 증여세법」 제60조는 불특정 다수 사이에서 자유롭게 거래될 때 통상 성립하는 가액을 시가로 보고, 감정가격 등도 포함합니다. 시가를 산정하기 어려우면 보충적 평가방법으로 갑니다.
비상장주식 보충적 평가: 같은 법 시행령 제54조는 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3 대 2로 가중평균하되, 그 값이 순자산가치의 80%보다 낮으면 80% 금액을 하한으로 둡니다. 사업개시 후 3년 미만 법인은 순자산가치로만 평가합니다.

정리하면, 교환비율이 세법상 시가와 크게 다르면 과세당국이 시가로 다시 계산할 수 있습니다. 직전 투자 라운드 가격을 시가로 쓸 수 있는지는 별도 글에서 자세히 다뤘습니다.

Q4. 과세이연 특례는 플립에도 적용되나요?

「조세특례제한법」 제38조는 주식의 포괄적 교환·이전으로 생긴 완전자회사 주주의 양도차익에 대해 과세를 이연해 주는 특례입니다. 그러나 요건 제1호가 \"주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것\"입니다. 상대방이 델라웨어 등 외국 법인인 플립은 문언상 이 요건을 충족하기 어렵습니다.

또한 같은 조 제1호 단서는 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다고 정하고 있고, 제2호는 교환대가 중 완전모회사 주식 가액이 80% 이상일 것을 요구합니다. 현행 조문만 놓고 보면 플립 주주는 과세이연 없이 양도 시점에 과세되는 것을 전제로 계획을 세우는 편이 안전합니다. 법안 발표와 실제 적용 시점을 구분하는 방법은 플립 과세이연 글에서 다룹니다.

Q5. 플립 납부 재원, 현금이 없는데 세금은 언제 어떻게 내나요?

① 예정신고·납부 기한 주식 양도는 「소득세법」 제105조 제1항 제2호에 따라 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 예정신고해야 하고, 제106조에 따라 신고할 때 세액을 납부합니다. 예를 들어 상반기에 클로징하면 8월 말이 기한입니다. 양도차익이 없더라도 예정신고 의무는 있습니다.

② 확정신고 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 합니다(제110조 제1항). 예정신고를 했다면 원칙적으로 생략할 수 있지만, 같은 해에 누진세율 대상 자산을 2회 이상 예정신고한 경우 등은 다시 확정신고를 해야 합니다.

③ 분할납부 납부할 세액이 1천만원을 넘으면 납부기한이 지난 후 2개월 이내에 일부를 나눠 낼 수 있습니다(제112조). 나눠 낼 수 있는 금액은 「소득세법 시행령」 제175조에 따라 세액이 2천만원 이하이면 1천만원 초과분, 2천만원을 넘으면 세액의 50% 이하입니다.

④ 증권거래세 양도소득세와 별개로 증권거래세도 있습니다. 금융투자업자를 거치지 않은 주식 양도는 양도자가 납세의무자이고(「증권거래세법」 제3조 제3호), 세율은 양도가액의 1만분의 35(0.35%)입니다(제7조·제8조). 신고·납부는 반기 말일부터 2개월 안이라(제10조 제1항 제2호) 양도소득세 예정신고와 같은 달에 몰립니다.

결국 납부 재원은 ① 투자 라운드에서 일부 구주를 매각해 현금을 만들거나, ② 개인 자금을 준비하거나, ③ 분할납부로 시간을 버는 방법뿐입니다. 어느 쪽이든 클로징 전에 주주별 예상 세액을 계산해 두는 것이 출발점입니다.

검토 단계	확인할 것	근거
양도 판단	교환·현물출자도 양도인지	소득세법 제88조 제1호
과세 대상	비상장 주식 양도소득 해당 여부	소득세법 제94조 제1항 제3호 나목
세율	대주주·중소기업 여부(10%/20%/25%/30%)	소득세법 제104조 제1항 제11호
평가액	받은 주식 가치, 시가와 3억원·5% 차이	소득세법 제88조 제5호, 시행령 제167조
과세이연	내국법인 간 요건 충족 여부	조세특례제한법 제38조
신고·납부	반기 말일부터 2개월, 다음 해 5월 확정신고	소득세법 제105조·제106조·제110조
재원 조달	1천만원 초과 시 2개월 분납	소득세법 제112조, 시행령 제175조
거래세	0.35%, 양도자 신고	증권거래세법 제3조·제8조·제10조

가정 사례

(가정) 한국 중소기업 B사의 창업자 김 대표(대주주)와 초기 엔젤투자자 이 씨(대주주 아님)가 2026년 4월 미국 델라웨어 모회사로 플립했습니다. 교환으로 받은 미국 주식 가치를 기준으로 한 양도소득 과세표준이 김 대표 10억원, 이 씨 1억원이라고 가정합니다(필요경비·공제는 단순화).

김 대표: 3억원 이하 20%, 초과분 25%이므로 6천만원 + (7억원 × 25%) = 2억3,500만원. 상반기 양도이므로 예정신고 기한은 2026년 8월 말입니다. 세액이 2천만원을 넘으므로 최대 50%인 1억1,750만원은 2개월 뒤에 낼 수 있습니다.
이 씨: 중소기업 주식·대주주 아님 → 1억원 × 10% = 1,000만원. 1천만원을 넘지 않으므로 분할납부 대상이 아닙니다.
증권거래세: 양도가액에 0.35%가 별도로 붙습니다.
두 사람 모두 현금을 받은 적이 없으므로, 김 대표는 투자 라운드에서 구주 일부를 파는 방안을 투자자와 미리 협의해야 합니다. 지방소득세는 별도로 계산합니다.

실무 체크포인트

주주명부로 대주주·비대주주, 개인·법인을 구분해 주주별 세율표 작성
교환비율의 근거가 되는 가치평가 보고서와 세법상 시가(3억원·5% 기준) 차이 점검
사업개시 후 3년 미만 법인이면 보충적 평가가 순자산가치로만 계산되는 점 확인
클로징일 기준으로 예정신고 기한(반기 말일+2개월) 을 일정표에 기재
주주별 예상 세액과 분할납부 가능액 산정, 구주 매각 등 재원 확보 방안 합의
증권거래세 신고 주체(양도자)와 기한을 주주에게 안내
과세이연 특례를 전제로 한 계획은 현행 조문 요건으로 다시 검증

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

주주가 수십 명이면 신고 의무자도 수십 명입니다. 회사가 대신 내주지 않으므로 주주 안내문을 미리 준비해야 합니다.
소액주주라도 비상장 주식을 미국 모회사에 넘기면 과세 대상입니다. \"소액이라 괜찮다\"는 장외시장 매매 예외와 혼동하지 마십시오.
교환비율을 낮게 잡아 세금을 줄이려 하면 부당행위계산으로 시가 과세될 수 있고, 높게 잡으면 세금이 커집니다. 평가 근거를 문서로 남기는 것이 가장 중요합니다.
분할납부는 기한을 2개월 늦출 뿐입니다. 재원이 없는 상태에서 클로징하지 않도록 투자 일정과 맞춰야 합니다.

결론 및 전문가 Tip

플립은 \"주식만 바꾸는 거래\"처럼 보이지만, 한국 세법상으로는 주주 전원이 각자 주식을 파는 거래입니다. 세금은 교환비율이 정해지는 순간 사실상 결정되고, 납부 기한은 클로징 반기 말일부터 2개월 뒤에 찾아옵니다. 그래서 가치평가, 주주별 세액 시뮬레이션, 재원 조달 계획을 하나의 문서로 묶어 투자자 협상 테이블에 올리는 것이 실무 Tip입니다. 특히 창업자 세액이 크다면 라운드 구조 안에 일부 구주 매각을 넣는 방안을 초기에 제안해 두는 편이 좋습니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 플립을 앞둔 스타트업의 주주명부를 바탕으로 주주별 양도소득세·증권거래세 예상액을 계산하고, 교환비율 근거가 되는 비상장주식 평가와 세법상 시가의 차이를 함께 점검합니다. 예정신고 일정 안내문과 분할납부·재원 조달 시나리오까지 클로징 전에 정리해 드립니다.

참고 출처 요약

국가법령정보센터, 「소득세법」 제88조·제94조·제104조·제105조·제106조·제110조·제112조 (시행 2026-07-01 본문 포함) — https://www.law.go.kr/법령/소득세법 (2026-10-14 조회)
국가법령정보센터, 「소득세법 시행령」 제167조·제175조 (시행 2026-10-01) — https://www.law.go.kr/법령/소득세법시행령 (2026-10-14 조회)
국가법령정보센터, 「상속세 및 증여세법」 제60조·제63조, 같은 법 시행령 제54조 — https://www.law.go.kr/법령/상속세및증여세법 (2026-10-14 조회)
국가법령정보센터, 「조세특례제한법」 제38조 (시행 2026-09-18) — https://www.law.go.kr/법령/조세특례제한법 (2026-10-14 조회)
국가법령정보센터, 「증권거래세법」 제1조의2·제3조·제7조·제8조·제10조 — https://www.law.go.kr/법령/증권거래세법 (2026-10-14 조회)
국가법령정보센터, 「상법」 제360조의2 — https://www.law.go.kr/법령/상법 (2026-10-14 조회)