\"일본 고객사에 솔루션 라이선스를 팔았는데 송금액이 계약 금액보다 20% 넘게 적게 들어왔습니다.\" 일본 진출 초기 소프트웨어 기업에서 자주 듣는 질문입니다. 일본 거래처가 잘못 계산한 것이 아니라, 일본 국내법이 정한 비거주자 원천징수를 그대로 적용했을 가능성이 큽니다.

이 차이는 계약서의 권리 조항과 서류 한 장으로 상당 부분 줄일 수 있습니다. 반대로 서류를 늦게 내면 일단 높은 세율로 떼이고, 환급 청구와 한국 외국납부세액공제 정리까지 일이 길어집니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 한일 조세조약 제12조는 국가법령정보센터의 국문 본문과 일본 재무성이 공개한 MLI 반영 통합본(영문)으로, 일본 국내법 세율·국내원천소득 범위·조약 신고서 절차는 일본 국세청(NTA) タックスアンサー No.2878·2884·2888과 A3-5 절차 안내로, 한국 외국납부세액공제는 국가법령정보센터의 「법인세법」 제57조·시행령 제94조 현행 본문으로 대조했습니다(2026-10-14 조회). 특정 소프트웨어 계약이 사용료인지에 대한 일본 과세당국의 개별 해석은 확인하지 못했으므로 단정하지 않았습니다.

핵심 요약

• 일본 국내법상 비거주자·외국법인에게 지급하는 저작권 등 사용료의 원천징수세율은 20.42%입니다.

• 한일 조세조약 제12조 제2항은 수익적 소유자가 한국 거주자이면 일본 과세를 사용료 총액의 10%로 제한합니다. 조약상 \"사용료\" 정의에는 소프트웨어 저작권이 명시돼 있습니다.

• 조약은 사용료의 발생지를 지급인의 거주지로 정합니다(제12조 제4항). 일본 국내법은 \"국내 업무에 관련된\" 사용료를 국내원천으로 보지만, 조약에 다른 정함이 있으면 조약을 따릅니다.

• 10%를 지급 시점에 적용받으려면 최초 지급일 전날까지 「租税条約に関する届出書(様式3)」를 일본 거래처를 통해 제출해야 합니다. 늦으면 국내법 세율로 떼이고, 이후 様式11로 차액 환급을 청구합니다.

• 조약 세율을 초과해 떼인 세액은 한국에서 외국납부세액공제 대상에서 제외됩니다.

Q&A

Q1. 권리의 범위: 소프트웨어 대금이 한일 조약상 \'사용료\'가 되는 기준은?

한일 조세조약 제12조 제3항은 사용료를 \"소프트웨어·영화필름 … 을 포함하는 문학적·예술적 또는 학술적 작품에 관한 저작권 … 의 사용 또는 사용권 … 의 대가로써 받는 모든 종류의 지급금\"으로 정의합니다. 재무성 통합본(영문)도 \"copyright of literary, artistic or scientific work including software\"라고 적고 있습니다.

핵심은 무엇의 대가인가입니다. 실무에서는 계약서를 다음처럼 나눠 읽습니다.

• 저작권을 쓸 권리를 주는 부분: 복제·개작·배포·재라이선스 권한을 일본 고객에게 주는 조항이 있으면 조약상 사용료 성격이 강해집니다.

• 완성된 프로그램을 쓰게 하는 부분: 고객이 자기 업무에 프로그램을 설치해 쓰는 데 그치는 경우, 저작권 사용의 대가인지 별도 검토가 필요합니다. 이 구분에 대한 일본 과세당국의 공식 기준은 이 글에서 확인하지 못했으므로, 계약 단계에서 일본 측 세무 대리인과 분류를 합의해 두는 것이 안전합니다.

• 유지보수·구축 용역 부분: 사람의 용역 대가는 사용료와 다른 소득 구분으로 검토될 수 있으므로, 금액을 계약서에서 분리해 적어 두면 분류 다툼을 줄일 수 있습니다.

한일 조약에는 다른 조약에서 보기 드문 규정도 있습니다. 제12조 제5항은 소프트웨어 등 저작권의 양도로부터 발생하는 수입에도 제1항·제2항·제4항을 같이 적용한다고 정합니다. 즉 \"라이선스가 아니라 권리를 통째로 넘겼으니 사용료가 아니다\"라는 논리만으로 일본 원천징수를 피하기 어렵다는 뜻입니다.

Q2. 일본 사용 여부: 일본 원천소득인지는 어디서 쓰느냐로 정할까, 누가 주느냐로 정할까?

일본 국내법은 국내원천소득으로 \"국내에서 업무를 하는 자로부터 받는 … 저작권의 사용료 … 로서 국내 업무에 관련된 것\"을 듭니다(NTA No.2878). 사용 장소와 업무 관련성을 보는 구조입니다.

반면 한일 조약 제12조 제4항은 지급인이 일본 거주자이면 사용료가 일본에서 발생한 것으로 본다고 정합니다. 다만 지급인이 다른 나라에 고정사업장을 두고 그 고정사업장이 사용료를 부담하면, 그 고정사업장 소재지국에서 발생한 것으로 봅니다. NTA는 \"조세조약에 국내원천소득에 관해 다른 정함이 있는 경우에는 조세조약을 따른다\"고 안내합니다.

기업 입장에서 정리하면 다음과 같습니다.

• 일본 법인 고객이 일본 본사 명의로 지급하면, 프로그램을 일본 밖 사업장에서 쓰더라도 조약상 일본 발생 소득으로 분류될 여지가 큽니다.

• 일본 고객의 해외 지점이 계약 당사자이고 그 지점이 대금을 부담하는 구조라면, 발생지 판단이 달라질 수 있습니다.

• 그래서 계약 당사자·청구서 수신인·비용 부담 주체를 일치시켜 두는 것이 발생지 논쟁을 줄이는 가장 쉬운 방법입니다.

Q3. 조약 분류: 일본 소프트웨어 사용료 원천징수 세율은 얼마나 줄어드나요?

일본 국세청 No.2884는 비거주자·외국법인에 대한 원천징수세율 표에서 \"工業所有権、著作権等の使用料等\"을 20.42%로 안내합니다. 한일 조약 제12조 제2항은 사용료가 발생한 나라도 과세할 수 있지만, 수익적 소유자가 상대국 거주자이면 사용료 총액의 10%를 넘을 수 없다고 정합니다. 재무성 통합본도 \"shall not exceed 10 per cent of the gross amount of the royalties\"로 같은 내용입니다.

조약 세율이 국내법 세율 이하로 적용되는 경우에는 부흥특별소득세(2027년분 이후는 방위특별소득세 포함)를 함께 원천징수할 필요가 없다는 점도 NTA No.2884에 나와 있습니다. 따라서 조약이 적용되면 10% 단일 세율로 정리됩니다.

예외도 있습니다. 한국 기업이 일본에 고정사업장을 두고 그 고정사업장과 실질적으로 관련된 권리에서 사용료가 나오면, 제12조 제6항에 따라 사용료 조항 대신 사업소득(제7조)으로 과세됩니다. 또 일본 고객과 특수관계가 있어 대금이 정상 금액을 넘으면, 제7항에 따라 초과분에는 10%가 적용되지 않습니다.

마지막으로 한일 조약에는 MLI(BEPS 다자협약)가 적용됩니다. 재무성 안내에 따르면 MLI 제7조 제1항(주요목적기준, PPT)이 포함되며, 원천징수 세금은 2021년 1월 1일 이후 발생분부터 적용됩니다. 조약 혜택을 얻는 것이 주된 목적 중 하나인 거래 구조는 혜택이 부인될 수 있습니다.

Q4. 조약 10%를 받으려면 언제, 무엇을 내야 하나요?

NTA A3-5 안내에 따르면 사용료에 대한 조약 경감은 「租税条約に関する届出書(使用料に対する所得税及び復興特別所得税の軽減・免除)」, 통칭 様式3으로 신청합니다.

• 제출 시점: 최초로 사용료를 지급받는 날의 전날까지

• 제출 경로: 사용료 지급자(일본 거래처)별로 작성해 지급자에게 주고, 지급자가 자기 관할 세무서장에게 제출

• 변경 시: 기재 사항이 바뀌면 같은 방식으로 다시 제출

• 서면 제출: 정본·부본 2부를 지급자에게 제출

NTA No.2888은 지급일 전날까지 신고서를 내지 않으면 지급자가 조약 한도세율이 아니라 국내법 세율로 원천징수한다고 안내합니다. 이 경우 나중에 신고서와 함께 「租税条約に関する源泉徴収税額の還付請求書(様式11)」를 지급자를 통해 제출해 차액 환급을 청구할 수 있습니다.

Q5. 한국에서는 일본에서 떼인 세금을 어떻게 정리하나요?

한국 법인은 일본 사용료도 한국 법인세 과세표준에 포함합니다. 일본에서 원천징수된 세액은 「법인세법」 제57조에 따라 공제한도 안에서 외국납부세액공제를 받고, 한도 초과분은 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 사업연도로 이월할 수 있습니다.

주의할 점은 「법인세법 시행령」 제94조입니다. 외국에서 낸 세액이 조세조약에 따른 제한세율로 계산한 세액을 초과하면 그 초과 세액은 공제 대상에서 제외됩니다. 일본에서 20.42%를 떼였다면 10%를 넘는 부분은 한국에서도 공제받지 못할 수 있으므로, 일본에서 様式11로 환급받는 것이 원칙적인 해결 경로입니다.

가정 사례

(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사가 일본 법인 B사와 연 1,000만 엔의 업무용 솔루션 라이선스 계약을 맺었습니다. 계약서에는 B사가 일본 내 그룹사에 사용권을 재허여할 수 있다는 조항이 들어 있습니다.

• A사가 첫 지급일 전날까지 様式3을 내지 않으면 B사는 국내법 세율 20.42%로 원천징수합니다. 204만2천 엔이 빠집니다.

• 様式3을 제때 내면 조약 한도 10%가 적용되어 원천징수액은 100만 엔입니다.

• 차액 104만2천 엔은 나중에 様式11로 환급받을 수는 있지만, 그동안 현금이 묶이고 한국 결산에서도 공제 대상과 환급 대상 세액을 따로 관리해야 합니다.

• 재허여 조항은 저작권 사용권의 대가라는 성격을 강하게 하므로, A사는 사용료로 분류될 것을 전제로 서류를 준비하는 편이 현실적입니다. 유지보수 용역이 함께 있다면 금액을 계약서에서 분리해 두는 것이 좋습니다.

실무 체크포인트

1. 계약서에서 복제·배포·재허여 권한, 단순 사용, 용역 대가를 조항과 금액별로 분리했는가

2. 계약 당사자·청구서 수신인·대금 부담 주체가 같은 일본 법인인가

3. 일본 거래처에 최초 지급일 전날까지 様式3을 전달했는가(지급자별 작성)

4. 기재 사항이 바뀌면 신고서를 다시 내도록 일정에 넣었는가

5. 이미 20.42%로 떼였다면 様式11 환급 청구를 지급자와 협의했는가

6. 한국 법인세 신고 때 조약 세율 10%를 넘는 세액을 공제 대상에서 분리했는가

7. 일본 내 사무실·직원이 생겼다면 사용료가 고정사업장 소득으로 바뀌는지 검토했는가

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 계약 금액은 세전인지 세후인지 먼저 정하십시오. 일본 거래처가 원천징수 후 송금하는 것이 기본이므로, 견적 단계에서 실수령액을 계산해 두어야 합니다.

• 조약 세율은 자동으로 적용되지 않습니다. 일본 거래처 담당자가 신고서 절차를 모르는 경우도 많아, 한국 공급자가 먼저 서류를 챙겨 넘기는 편이 빠릅니다.

• 일본에서 초과로 떼인 세금은 한국에서 공제로 메울 수 없습니다. 환급 청구 기회를 놓치면 그대로 비용이 됩니다.

• \"권리를 아예 넘기면 사용료가 아니다\"라는 접근은 한일 조약 제12조 제5항 때문에 통하지 않을 수 있습니다.

결론 및 전문가 Tip

일본 소프트웨어 사용료 원천징수는 권리의 범위 → 발생지(지급인) → 조약 분류와 서류 순서로 정리하면 됩니다. 20.42%와 10%의 차이는 세율 자체보다 첫 지급 전에 様式3을 냈는지에서 갈리는 경우가 대부분입니다. 계약서 초안 단계에서 권리 조항과 용역 대가를 나누고, 일본 거래처와 \"원천징수 후 금액\"을 함께 확인해 두면 송금액을 둘러싼 오해도 줄어듭니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 고객과 소프트웨어·콘텐츠 계약을 앞둔 기업을 위해 계약서의 권리 조항을 조약상 소득 구분 관점에서 검토하고, 様式3 작성에 필요한 정보와 제출 일정을 정리해 드립니다. 이미 국내법 세율로 원천징수된 경우에는 환급 청구 가능성과 한국 외국납부세액공제 정리 방법을 함께 점검해 드립니다.

참고 출처 요약

• 국가법령정보센터, 「대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」 제12조(1999.11.22 발효) — https://www.law.go.kr/LSW/trtyInfoR.do?trtySeq=1127 (2026-10-14 조회)

• 일본 재무성, Synthesized Text for Japan–Korea Tax Treaty(MLI 반영 통합본) — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_convention/SynthesizedTextforJapan_Korea_EN.pdf (2026-10-14 조회)

• 일본 재무성, Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea — https://www.mof.go.jp/english/policy/tax_policy/tax_conventions/mli_kor.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.2878 国内源泉所得の範囲 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2878.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.2884 非居住者等に対する源泉徴収・源泉徴収の税率 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2884.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, No.2888 租税条約に関する届出書の提出 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2888.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, A3-5 租税条約に関する届出(使用料) — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/joyaku/annai/1648_41.htm (2026-10-14 조회)

• 국가법령정보센터, 「법인세법」 제57조, 「법인세법 시행령」 제94조 — https://www.law.go.kr (2026-10-14 조회)

• 국세청 국세법령정보시스템, 조세조약 — https://taxlaw.nts.go.kr/st/USESTC001M.do

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